I probiotici sono in grado di esercitare molti diversi effetti benefici sull'ospite umano, ma questi effetti sono mediati dal numero di cellule vitali che raggiungono l'intestino, quindi dalla sopravvivenza durante il transito gastroduodenale. Ecco perché oggi gran parte della ricerca si concentra sul migliorare la disponibilità, e quindi l’efficacia, di ceppi noti per l’effetto positivo sulla salute.

I disturbi dell'evacuazione e le feci dure sono comuni nei paesi industrializzati e colpiscono in media dal 12% al 17% della popolazione adulta sana a qualsiasi età. L'integrazione alimentare con probiotici può essere utile per ridurre il disturbo.

Negli ultimi anni, gli studi sull'uomo, insieme a studi in vitro e in vivo sugli animali, hanno dimostrato che le comunità microbiche intestinali svolgono un ruolo chiave nella patogenesi di diverse malattie gastrointestinali e non gastrointestinali. La composizione batterica nel lume varia dal cieco al retto con una pronunciata variabilità nella composizione microbica nello stesso individuo se misurata in mesi, settimane e persino giorni. Fattori come la dieta, l'assunzione di farmaci, i viaggi o il tempo di transito nel colon possono influenzare la composizione microbica nel tempo.

Il microbiota intestinale in via di sviluppo è inevitabilmente e interdipendentemente coinvolto nella maturazione delle vie endocrine, immunitarie e metaboliche durante i primi anni di vita e notevole attenzione è stata quindi data dalla ricerca al suo ruolo nell’obesità, nel diabete mellito e nella steatosi epatica non alcolica. Il tasso di crescita batterica, ovvero il tasso di variazione nel tempo del numero di cellule in un determinato habitat, rappresenta oggi una caratteristica indipendente dell'effetto del microbiota intestinale sull'ospite ed è stato significativamente correlato con diversi disturbi infiammatori e metabolici negli adulti.